WSH/JScriptやHTAで、フォルダ選択ダイアログを出すことができます。
このために、ShellオブジェクトのBrowseForFolder()メソッドを使います。
// フォルダ選択ダイアログ
function selectdir() {
var objShell = new ActiveXObject("shell.application");
var folder = objShell.BrowseForFolder(0, "フォルダ選択", 0);
if (folder == null) return;
var path = folder.Self.Path;
return path;
}