WSH の JScript で Excel のセルの最下行を調べる方法は以下の通りです。ついでに、最右列も調べます。

var xlToRight = -4161;
var xlDown    = -4121;
//
var excel = WScript.CreateObject("Excel.Application");
var book = excel.Workbooks.Open(fname); // ブックを開く
var sheet = book.Worksheets(1);
var used = sheet.UsedRange;
if (used.Count <= 1) return; // 使用中セルが1以下なら処理しない
var lastrow, lastcol;
// 方法(1)
lastrow = used.Cells(used.Count).Row;
lastcol = used.Cells(used.Count).Column;
// 方法(2)
lastrow = used.End(xlDown).Row;
lastcol = used.End(xlToRight).Column;
//
WScript.Echo(lastrow+","+lastcol+":"+used.Count);

※ただし、方法(2)の場合、未使用のシートで、65536,256 の値が返るので注意